Олег Михайленко →  Можно ли взыскать судебные расходы с...... прокурора?

В силу ч. 1 ст. 102 ГПК РФ при отказе полностью или частично в иске лицу, обратившемуся в суд в предусмотренных законом случаях с заявлением в защиту прав, свобод и законных интересов истца, ответчику возмещаются за счет средств соответствующего бюджета понесенные им издержки, связанные с рассмотрением дела, полностью или пропорционально той части исковых требований, в удовлетворении которой истцу отказано.

А в АПК РФ по аналогии, т.к. отдельной статьи посвящённой этому нет.

Не с главного ли распорядителя бюджетных средств?

По поводу главного распорядителя и его статуса в процессе совершенно понятно, он выступает лишь в качестве уполномоченного органа. В принципе, вообще возможно указать в качестве ответчика РФ, субъекта РФ или МО.
Но, вообще-то, существует стабильная практика, в частности в Северо-Кавказском округе, взыскания денежных средств с публично-правового образования (муниципального образования, субъекта РФ, РФ) за счет соответствующей казны этого образования, что соответствует и смыслу норм ГК РФ, и разъяснениям Пленума ВАС РФ.
В соответствии с разъяснениями, содержащимися в п.1 Постановления Пленума ВАС РФ №23 от 22 июня 2006 г. «О некоторых вопросах применения арбитражными судами норм Бюджетного кодекса РФ» согласно п. 10 ст. 158 БК РФ в суде от имени РФ, субъекта РФ, муниципального образования по искам о возмещении вреда, причиненного незаконными решениями и действиями (бездействием) государственных органов (органов местного самоуправления) либо должностных лиц этих органов, а также по искам, предъявленным в порядке субсидиарной ответственности к публично-правовым образованиям по обязательствам созданных ими учреждений, выступает соответствующий главный распорядитель бюджетных средств.
При принятии такого искового заявления к публично-правовому образованию суду следует исходить из того, что указание истцом в исковом заявлении органа, не являющегося соответствующим главным распорядителем бюджетных средств, не препятствует рассмотрению спора по существу. В данном случае суд при подготовке дела к судебному разбирательству должен выяснить, какой орган на основании п.10 ст.158 БК РФ как главный распорядитель бюджетных средств должен выступить в суде от имени публично-правового образования, и надлежащим образом известить его о времени и месте судебного разбирательства.
При этом, поскольку в названном постановлении предусмотрена обязанность суда установить главного распорядителя бюджетных средств и привлечь его к участию в деле, суд вправе по своей инициативе привлечь такое лицо к участию в деле в качестве соответчика применительно к ч. 6 ст. 46 АПК РФ (Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 4 марта 2010 г. по делу №А53-9774/2009).
По смыслу п. 2 Постановления Пленума ВАС РФ от 22.06.2006 N 23, рассматривая иски, предъявленные согласно статье 16, 1069 ГК РФ, судам необходимо иметь в виду, что должником в обязательстве является публично-правовое образование, а не его органы либо должностные лица этих органов. Следовательно, при удовлетворении указанных исков в резолютивной части решения суда должно указываться о взыскании денежных средств за счет казны соответствующего публично-правового образования, а не с государственного или муниципального органа.
В то же время я не встречал процедуры «взыскания с казны», возможно, вы имели ввиду — за счет казны.
Это практика арбитражных судов, по практике Верховного Суда не могу ничего сказать.